Göztepe'nin altyapısına 2011-12 sezonunda Antalyaspor'dan gelen Halil, kulüpte Süper Lig, Spor Toto 1. Lig ve TFF 2. Lig'de forma giyme şansı buldu. Sadece 2015-16'da geçici olarak Elazığspor'a kiralanan Halil, mevcut kadroda en uzun süre görev alan oyuncu unvanını almayı başardı. Göztepe ile bir kez 2. Lig ve 2 kez de 1. Lig şampiyonluğu yaşayan Halil Akbunar takımı ile iki defa Süper Lig'e çıkma başarısı yakaladı, 11 yılda 275 maça çıkarken 39 gol attı.